Yayasan Dakwah Islam An Nahl pada awalnya digagas oleh suatu kelompok pengajian yang peduli terhadap dunia dakwah dan pendidikan, mereka itu diantaranya : Hasan Nasir, Sasangka Putra, Junaidi, Ali Mansyur, Fatah Yunus, Hamdan Kosasi, Ami Taher, Umar Farouk, dll. Yayasan Dakwah Islam An Nahl berdiri pada tahun 1997. Bergerak di bidang penyebarluasan dakwah dengan kegiatan pengajian yang ada di Balikpapan. Pada tahun 1998 mendirikan TPA Ibnu Mas’ud yang berlokasi di sepinggan (sekarang dikelola Yayasan Al Ihsan). Pada tahun 2000 Yayasan Dakwah Islam An Nahl memperluas kegiatannya di dunia pendidikan dengan mendirikan Sekolah Islam Terpadu, yang pada waktu itu memulai dengan membuka TK dan SD Islam Terpadu. Bertepatan dengan didirikannya TK & SD Islam Terpadu pada tahun 2000 tersebut, TK Islam Terpadu Al Auliya yang berdiri pada tahun 1998 yang dikelola oleh Yayasan Humaira Balikpapan diserahkan pengelolaannya kepada Yayasan Dakwah Islam An Nahl Balikpapan. Sehingga TK & SD Islam Terpadu yang didirikan oleh Yayasan Dakwah Islam An Nahl diberi nama “Sekolah Islam Terpadu Al Auliya”.
Pada tahun 2000 tersebut Yayasan Dakwah Islam An Nahl mengelola tiga sekolah Islam Terpadu yaitu: TK Islam Terpadu Al Auliya 1 yang beralamat di Jalan Pangeran Antasari dengan jumlah siswa lebih kurang 60 orang, TK Islam Terpadu Al Auliya 2 yang beralamat di Balikpapan Baru dengan jumlah siswa 47 orang dan SDIT Al Auliya juga beralamat di Balikpapan Baru dengan jumlah siswa 18 orang. Meski hanya mengontrak rumah yang dijadikan sebagai sekolah, ternyata respon masyarakat terhadap SIT (Sekolah Islam Terpadu) tersebut sangat positif sebagai sebuah pendidikan alternatif bagi mereka.
Pada akhir tahun 2000 Ketua Yayasan An Nahl Ustadz Hasan Abdul Nasir pada waktu itu ditakdirkan Allah bertemu dengan Bapak H. Hardi disalah satu Bank di Balikpapan. Dalam pertemuan tersebut meskipun singkat Bapak H. Hardi pengusaha muslim yang sukses dan terkenal sangat dermawan, menawarkan Hotel Suryani yang beralamat di Jl. Sultan Alauddin No.10 Karang Bugis Kota Balikapan kepada Ustadz Hasan Nasir untuk dipakai dan dimanfaatkan oleh Yayasan An Nahl.
Selanjutnya kamar-kamar hotel tersebut direnovasi menjadi ruang kelas. pada tahun ajaran 2001-2002 Hotel Suryani telah berubah fungsi yang tadinya kamar kamar hotel telah berubah menjadi ruang-ruang kelas yang siap ditempati untuk proses belajar mengajar. TKIT Al Auliya 1 dan SDIT Al Auliya yang sebelumnya menempati rumah kontrakan dipindahkan di Karang Bugis. Seiring bergulirnya waktu dari tahun ketahun kepercayaan masyarakat untuk menyekolahkan anaknya pada SIT Al Auliya Balikpapan terus mengalami peningkatan, hal ini dapat dilihat peminat jauh lebih banyak dibandingkan dengan daya tampung yang tersedia. Mengantisipasi hal tersebut agar minat masyarakat Kota Balikpapan untuk menyekolahkan anaknya di SIT Al Auliya dapat diakomodir, para pengurus yayasan bertekad untuk mengembangkan dan mencari lahan yang representatif.
Pada tahun 2004 Pengurus Yayasan An Nahl membeli tanah seluas 6000 m2 yang berlokasi di Jl. MT. Haryono (Ring Road) RT.33 Kelurahan Batu Ampar Kota Balikpapan, yang sekarang telah berubah menjadi Kelurahan Graha Indah. Pada lokasi tersebut akan dibangun sebuah gedung dua lantai dengan ukuran 24 x 60 m dan yang dikerjakan secara bertahap. Tahun 2006 lantai 1 gedung tersebut sudah selesai dan sudah dapat dipergunakan untuk Proses Belajar Mengajar sehingga 4 Kelas SDIT Al Auliya Karang Bugis dipindahkan belajarnya pada gedung baru tersebut. Pada tahun ajaran 2007-2008 minat masyarakat untuk memasukkan anaknya di SIT Al Auliya sangat tinggi dan tuntutan orang tua siswa terhadap kesinambungan belajar setelah lulus dari SDIT Al Auliya, maka pada tahun 2007 SDIT Al Auliya dikembangkang menjadi dua sekolah yaitu SDIT 1 Al Auliya dan SDIT 2 Al Auliya sekaligus membuka SMP IT Al Auliya. Sdit 1 Al Auliya beralamat di Karang Bugis, SDIT Al Auliya 2 dan SMPIT Al Auliya yang berlokasi di MT. Haryono Ring Road. Pada tahun 2008 Yayasan An Nahl membebaskan tanah 1 ha, sehingga lokasi SIT Ring Road sekarang 16.000 m2 . Pada Tahun 2015 dibuka lagi sekolah baru yaitu SMA IT Al Auliya.
Yayasan DAkwah Islam An Nahl sejak berdiri tahun 1997 telah mengalami pergantian Ketua Yayasan sebanyak tiga kali. Pada tahun 1997 – 2002 diketuai oleh Ustadz Hasan Nasir, Pada tahun 2002 – 2013 diketuai oleh Ustadz Drs. Zainuri, Pada tahun 2013 – sekarang diketuai oleh Ustadz Muhammad Husein Budiraharjo, ST
Pada tahun 2013 Yayasan Dakwah Islam An Nahl berganti nama menjadi Yayasan Pendidikan An Nahl Balikpapan dan pada bulan Oktober 2014 TKIT Al Auliya 1 Balikpapan yang beralamat di Jl. Sultan Alauddin RT.02 No.10 Karang Bugis direlokasi ke Jalan Padat Karya RT.5 No.2 Kelurahan Muara Rapak Balikpapan Utara. Pada tahun 2015 ini Yayasan Pendidikan An Nahl Balikpapan akan membuka SMA IT Al Auliya.